Производные флуоресцеина являются наиболее распространенными флуоресцентными метками, вводимыми в олигонуклеотиды. Карбоксифлуоресцеин имеет достаточно большой молярный коэффициент поглощения и высокий квантовый выход. Кроме того, максимум возбуждения для производных флуоресцеина находится в диапазоне спектральных линий аргонового (488 нм) и Nd:YAG (477 нм) лазеров, что делает этот краситель незаменимым в таких областях, как:

• ДНК анализ с лазер-индуцируемой флуоресцентной детекцией;
• микроскопия с конфокальным лазерным сканированием;
• проточная цитофлуориметрия.

• относительно высокая скорость выцветания;
• рН-чувствительная флуоресценция (рКа ~ 6.4), которая существенно уменьшается при рН ниже 7.0;
• относительно широкий спектр флуоресценции, ограничивающий использование производных флуоресцеина в некоторых приложениях, предусматривающих использование нескольких флуоресцентных красителей одновременно;
• возможное уменьшение интенсивности флуоресценции в составе конъюгатов с биополимерами, особенно при множественном замещении.

Красители родаминового ряда снискали широкое применение в качестве олигонуклеотидных меток. В отличие от производных флуоресцеинов, их спектральные характеристики не меняются в диапазоне рН от 4 до 10. Карбокисродамин R6G близок по спектральным характеристикам к 6-JOE. Карбоксиродамины используются в различных молекулярно-биологических приложениях, таких как:

• автоматическое секвенирование ДНК;
• количественная ПЦР в реальном времени;
• флуоресцентная in situ гибридизация;
• детекция на ДНК-чипах.

Красители родаминового ряда снискали широкое применение в качестве олигонуклеотидных меток. В отличие от производных флуоресцеинов, их спектральные характеристики не меняются в диапазоне рН от 4 до 10. Карбокси-Х-родамин в настоящее время является одним из наиболее используемых флуоесцентных красителей родаминового ряда. Карбокси-Х-родамин используется в различных молекулярно-биологических приложениях, таких как:

• автоматическое секвенирование ДНК;
• количественная ПЦР в реальном времени;
• флуоресцентная in situ гибридизация;
• детекция на ДНК чипах.

Красители родаминового ряда снискали широкое применение в качестве олигонуклеотидных меток. В отличие от производных флуоресцеинов, их спектральные характеристики не меняются в диапазоне рН от 4 до 10. Тетраметилкарбоксиродамин в настоящее время является наиболее используемым флуоресцентным красителем родаминового ряда. Прежде всего, необходимо отметить, что TAMRA используется в качестве акцептора флуоресценции в зондах, применяемых для проведения количественного ПЦР в реальном времени. Среди других молекулярно-биологических приложений, в которых используются олигонуклеотиды, меченные этим красителем следует отметить:

• секвенирование ДНК;
• флуоресцентная in situ гибридизация;
• детекция на ДНК чипах.

6-Карбокси-4',5'-дихлор-2',7'-диметоксифлуоресцеин (6-JOE) - один из флуорофоров (таких как 5-FAM, 6-TAMRA и 6-ROX), традиционно используемых при автоматическом секвенировании ДНК. Химическая модификация ксантенового кольца смещает максимумы поглощения и флуоресценции этого производного флуоресцеина в длинноволновую область. Промежуточный по сравнению с другими красителями спектр поглощения/флуоресценции 6-JOE, высокий квантовый выход и низкая чувствительность к изменению рН (рКа ~4.3) в диапазоне близком к физиологическому, позволяют использовать этот краситель для целого ряда молекулярно-биологических приложений.

Красители родаминового ряда снискали широкое применение в качестве олигонуклеотидных меток. В отличие от производных флуоресцеинов, их спектральные характеристики не меняются в диапазоне рН от 4 до 10. Карбоксиродамины используются в различных молекулярно-биологических приложениях, таких как:

• автоматическое секвенирование ДНК;
• количественная ПЦР в реальном времени.

Будучи сближены в пространстве, производные пиренов формируют эксимер. При этом пик флуоресценции эксимера отличен от пика флуоресценции одиночного красителя (470нм - эксимер, 376нм - пирен). Это свойство пиренов активно используют для проведения структурных исследований нуклеиновых кислот.