Набор реагентов «Globodera pallida и Globodera rostochiensis-РВ»
Кат. № PH-100м
Globodera pallida и Globodera rostochiensis виды цистообразующих нематод поражающих преимущественно растения семейства Solanum. Наибольший ущерб они наносят растениям картофеля, в меньшей степени поражают томаты и баклажаны. Центром происхождения цистообразующих нематод считают регион Центральных Анд в Южной Америке. В Европу эти вредители попали в середине 19-го века с селекционным материалом картофеля, а оттуда распространились по всему миру.
Цистообразующие картофельные нематоды – облигатные специализированные седентарные паразиты, для которых характерно наличие в жизненном цикле цист, содержащих яйца и инвазионные личинки. Потери урожая от них могут достигать более 80–90 %, а при высокой инфекционной нагрузке урожай картофеля может быть полностью уничтожен. Основной диагностический признак G. pallida – окраска цист: в конце созревания они не приобретают золотистый цвет, как у G. rostochiensis, а остаются бледными. Цисты обоих видов могут выживать в почве без растений-хозяев до 10 лет (Sijmons, 1993; Williamson, Hussey, 1996). Основными симптомами поражения являются угнетение роста растения, иногда пожелтение или отмирание листьев, уменьшение размеров клубней и сильное разветвление корней.
Нематоды не имеют как таковых естественных переносчиков, но могут распространяться с клубнями картофеля, частицами почвы, которые могут переноситься сельскохозяйственной техникой.
В настоящее время, по данным EPPO, G. rostochiensis распространена во всех странах Европы, в том числе и на территории сопредельных стран, таких как Беларусь, Латвия, Эстония, Литва, Украина, Армения; на Азиатском континенте в Таджикистане, Японии и Индии. G. pallida не обнаружена на территории РФ, хотя широко распространена в Европе. По данным ЕРРО, G. pallida зарегистрирована во всех странах Европы, кроме Беларуси, Латвии, Литвы, Польши и Словакии.
G. pallida и G. rostochiensis включены в список A2 перечня вредителей Европейской и Средиземноморской организации по карантину и защите растений. На территории РФ G. pallida включена в первый список единого перечня карантинных объектов Евразийского экономического союза.
«ФИТОСКРИН» — технология быстрой молекулярно-генетической диагностики заболеваний растений методом ПЦР в реальном времени
«Globodera rostochiensis и Globodera pallida-РВ»
Набор реагентов для дифференциальной диагностики и выявления ДНК бледной и золотистой нематоды методом полимеразной цепной реакции в реальном времени
Набор может быть использован в лабораторных центрах и институтах, проводящих контроль фитосанитарного состояния растений, в том числе посадочного материала и почв в целях обнаружения ДНК Globodera pallida и Globodera rostochiensis. Набор позволяет качественно определить, содержится ли в образце ДНК Globodera pallida и Globodera rostochiensis.
При амплификации методом ПЦР-РВ в наборе используются два олигонуклеотидных праймера, фланкирующих специфический фрагмент ДНК Globodera rostochiensis и Globodera pallida и два олигонуклеотидных праймера, фланкирующих ДНК внутреннего положительного контроля ПЦР-РВ, а также три флуоресцентных зонда. Процесс амплификации специфичных фрагментов заключается в повторяющихся циклах температурной денатурации ДНК, отжига праймеров с комплементарными последовательностями и последующей достройке полинуклеотидных цепей с этих праймеров ДНК-полимеразой с детекцией результатов в режиме реального времени.
Набор реагентов «Globodera rostochiensis и Globodera pallida-РВ» позволяет одновременно выявлять в одной реакционной смеси специфичный для Globodera pallida, фрагмент гена (по каналу флуоресценции FAM/Green) и специфичный для Globodera rostochiensis, фрагмент гена (по каналу флуоресценции ROX/Orange), а также внутренний положительный контроль – по каналу флуоресценции Cy5/Red. Третья реакция – ВПК (Внутреннего Положительного Контроля) – необходима для исключения ложноотрицательных результатов.
- Чувствительность
При выделении ДНК из одной цисты Globodera rostochiensis и/или Globodera pallida набором реагентов EX-511 ДНК-Экстран-2 (Синтол, Россия) (основан на тотальном осаждении и лизисе SDS) пороговый цикл составил 19,4 для каждой из матриц ДНК.
- Специфичность
Специфичность – ложноотрицательные результаты при анализе образцов, содержащих ДНК целевого объекта, отсутствовали, ложноположительные результаты при анализе образцов ДНК, не содержащих вышеперечисленные специфические фрагменты, отсутствовали.
Набор реагентов апробирован на следующих приборах: «АНК-32 (32М, 48)» (ИАП РАН, г. Санкт-Петербург, Россия), «CFX96» («BioRad», США), «Rotor Gene» (Qiagen), «DT» («ДНК-технология», Россия).
