Для выявления фитопатогенов


Наборы реагентов «ФИТОСКРИН» для выявления фитопатогенов методом ПЦР в реальном времени


«ФИТОСКРИН» — стремительно развивающаяся технология быстрой молекулярно-генетической диагностики заболеваний растений методом ПЦР в реальном времени.

Технология состоит из 3-х основных этапов:

I этап

Предварительная подготовка и выделение ДНК/РНК: использование оригинальных реагентов и сорбирующих частиц в наборах для выделения НК обеспечивает получение максимального количества чистой ДНК/РНК и позволяет автоматизировать процесс выделения нуклеиновых кислот.

Для эффективной гомогенизации растительных образцов мы предлагаем набор реагентов «ФитоСорб‑П», содержащий пробирки с экстрагирующим буфером и керамическими шариками для гомогенизации на гомогенизаторе Precellys Evolution или аналогичных.

Набор реагентов «Фитоскрин-Экспресс» поддерживает тенденцию к автоматизации лабораторного процесса и позволяет увеличить пропускную способность диагностических лабораторий путем выделения нуклеиновых кислот из растительного материала как ручным способом, так и на автоматизированных станциях KingFisher Flex System или/и их аналогах. «Фитоскрин-Экспресс» 96 образцов – 36 минут.

Преимущества:

  1. Качество и эффективность выделения НК
  2. Время выделения НК
  3. Минимальный расход пластика при выделении НК
  4. Стоимость наборов реагентов
  5. Автоматизация выделения НК
ФИТОСКРИН
Рекомендации для выделения НК из растительного материала с использованием наборов реагентов ООО «Синтол»
Название наборов реагентов Минимальное время выделения одного образца без пробоподготовки РНК вирусы/вироиды ДНК бактерии ДНК грибы ДНК растений ДНК из чистой культуры (грибы/бактерии)
ФитоСорб1 40 мин + + + + +
Сорб-ГМО-Б2 110 мин + + + + +
ЦитоСорб3 50 мин + + + - +
ДНК-экстран-34 120 мин - + + + +
Фитоскрин-Экспресс2 36 мин/96 образцов на автоматической станции выделения НК

45 мин/12 образцов ручным способом
+ + + + +

1 — только для образцов с низким содержанием вторичных метаболитов (картофель, овощные)

2 — хорошо подходит для выделения высокобелковых и образцов с высоким содержанием вторичных метаболитов (бобовые, зерновые, виноград, плодово-ягодные)

3 — подходит для образцов с высоким содержанием вторичных метаболитов (виноград, плодово-ягодные)

4 — подходит для простых для выделения НК образцов (культуры грибов/бактерий, выделение ДНК из молодых листьев) НЕ ПОДХОДИТ ДЛЯ ВЫДЕЛЕНИЯ РНК ВИРУСОВ!

II этап

ПЦР в реальном времени: обнаружение ДНК/РНК фитопатогенов.

Преимущества:

  1. Реакции обратной транскрипции и ПЦР при выявлении РНК-содержащих вирусов и вироидов проводятся совместно в одной пробирке, что позволяет уменьшить вероятность ошибок при постановках реакций и контаминации, а также расход пластика
  2. Наборы ПЦР-реагентов адаптированы для наиболее распространённых в России приборов для ПЦР в реальном времени («АНК-32/М/48» (ИАП РАН, Россия), «CFX-96» («BioRad», США), «Rotor Gene 6000/Q» (Qiagen), «DT Prime/Lite» («ДНК-технология», Россия), «LightCycler96» («Roche», Германия), «QuantStudio5» (Applied Biosystems, США).
  3. Чувствительность наборов реагентов составляет от 1 до 20 копий ДНК/кДНК на реакцию
  4. Специфичность ПЦР-РВ подтверждена на большой выборке из близкородственных и сопутствующих организмов. Образцы получены из российских и международных коллекций микроорганизмов и вирусов, видовая принадлежность которых подтверждена секвенированием по Сенгеру
  5. При разработке наборов реагентов ПЦР-РВ для выявления фитопатогенов проводится сравнение с рекомендованными EPPO и ВНИИКР праймерамиdoi: 10.15389/agrobiology.2020.1.194rusЧерным цветом выделена смесь «Ph.solani-ВПК» (ООО «Синтол»); красным и оранжевым системы праймеров и зондов рекомендуемые EPPO для диагностики Candidatus Phytoplasma solani, BNrt* и mapBN** соответственно.

* Angelini E., Luca Bianchi G. Filippin L., Morassutti C., Borgo M. A new TaqMan method for the identification of phytoplasmas associated with grapevine yellows by real-time PCR assay. Journal of Microbiological methods, 2007 Jan., 68(3): 613-622 (doi:10.1016/j.mimet.2006.11.015)

** Pelletier C., Salar P., Gillet J., Cloquemin G., Very P., Foissac X., Malembic-Maher S. Triplex real-time PCR assay for sensitive and simultaneous detection of grapevine phytoplasmas of the 16SrV and 16SrXII-A groups with an endogenous analytical control. Vitis, 2009, 48(2): 87–95.

III этап

Анализ результатов. Автоматическая обработка результатов анализа на приборах для ПЦР в реальном времени АНК 32/48 (ИАП РАН, Россия): программное обеспечение позволяет автоматически формировать протоколы исследований с интерпретацией полученных результатов.

Для упрощения работы и анализа результатов с использованием прибора для ПЦР в реальном времени «QuantStudio5» (Applied Biosystems, США) Вы можете воспользоваться таблицами .xls для ввода и вывода данных по образцам (актуально для программ QuantStudio Design & Analysis Software v.1.5.1 и v.1.5.2) и программой запуска прибора.

Ввод образцов на планшет QS5.xls
Шаблон для анализа QS5.rar
Phyto_Vir.edt
Phyto_DNA.edt

ИНФОРМАЦИЯ ДЛЯ ЗАКАЗА

Наборы реагентов для выделения нуклеиновых кислот
Кат. № Название набора Назначение набора
PH-520 «ФитоСорб» для выделения нуклеиновых кислот из растительного материала (на магнитных частицах)
PH-523 «ФитоСорб-П» для выделения НК из растительного материала с пробирками для гомогенизации (на магнитных частицах)
PH-521 «ФитоСорб-Автомат-24» для автоматического выделения нуклеиновых кислот из растительного материала на роботизированных станциях TECAN
PH-522 «ФитоСорб-Автомат-48» для автоматического выделения нуклеиновых кислот из растительного материала на роботизированных станциях TECAN
PH-524new «Фитоскрин-Экспресс» для выделения нуклеиновых кислот из растительного материала ручным способом и на автоматизированных станциях KingFisher Flex System и/или их аналогах
PH-525new «Почва-Экспресс» для выделения нуклеиновых кислот из образцов почвы
EW-001 «ЦитоСорб/CytoSorb» для выделения ДНК/РНК фитопатогенов из растительного сырья, включая сложные образцы
Кат. № Название набора Назначение набора
Наборы реагентов “ФИТОСКРИН”
Наборы реагентов для обнаружения патогенов КАРТОФЕЛЯ
Бактерии:
PH-001 «Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicus-РВ» для выявления ДНК возбудителя кольцевой гнили картофеля
PH-002* «Ralstonia solanacearum (раса 3, bv.2)-РВ» для выявления ДНК возбудителя бурой гнили картофеля
PH-012 «Ralstonia solanacearum (раса 3, bv.2), Clavibacter michiganensis subsp. sepedonicum-РВ» для дифференциальной диагностики и выявления ДНК возбудителя бурой и кольцевой гнили картофеля
PH-019* «Candidatus Liberibacter solanacearum-РВ» для выявления ДНК возбудителя заболевания картофеля “Зебра чипсов”
PH-008 «Dickeya-РВ» для дифференциальной диагностики и выявления ДНК D. solani и D. dianthicola (возбудителей заболевания картофеля “черная ножка”)
PH-020 «Candidatus Phytoplasma solani-РВ» для выявления ДНК фитоплазмы почернения древесины
PH-031 «Dickeya spp-РВ» для выявления возбудителей заболевания картофеля “черная ножка”
PH-032 «Pectobacterium spp-РВ» для выявления ДНК возбудителей заболевания картофеля “черная ножка”
PH-044 «Pectobacterium spp-РВ» для дифференциальной диагностики и выявления ДНК возбудителей заболевания картофеля “черная ножка”
PH-029 «Pecto Dif-РВ» ля дифференциальной диагностики и выявления ДНК P. carotovorum subsp. Carotovorum, P. carotovorum subsp. Brasiliensis и P. carotovorum subsp. odoriferum (возбудителя заболевания картофеля “черная ножка”)
Нематоды:
PH-100м* «Globodera pallida и Globodera rostochiensis-РВ» для дифференциальной диагностики и выявления ДНК бледной и золотистой нематоды
Грибы:
PH-009* «Synchytrium endobioticum-РВ» для выявления ДНК возбудителя рака картофеля
Вирусы и вироиды:
PV-001 «Potato Virus X и Potato Virus Y-РВ» для дифференциальной диагностики и выявления РНК вирусов картофеля методом ОТ-ПЦР-РВ
PV-002 «Potato Virus M и Potato Leafroll Virus-РВ» для дифференциальной диагностики и выявления РНК вирусов картофеля методом ОТ-ПЦР-РВ
PV-003 «Potato Virus S и Potato Virus A-РВ» для дифференциальной диагностики и выявления РНК вирусов картофеля методом ОТ-ПЦР-РВ
PV-004* «Potato spindle tuber viroid-РВ» для выявления РНК вироида веретеновидности клубней картофеля методом ОТ-ПЦР-РВ
PV-005 «Potato Virus X, Y, M, L, S, A, PSTVd-РВ» для выявления РНК вирусов (PVX, PVY, PVM , PLRV, PVA, PVS и PSTVd) картофеля (состоит из комплекта наборов PV-001, PV-002, PV-003, PV-004)
PV-011* «Andean potato mottle virus-РВ» для выявления РНК андийсккого комовируса крапчатости картофеля методом ОТ-ПЦР-РВ
PV-012* «Andean potato latent virus-РВ» для обнаружения РНК андийского латентного вируса картофеля методом ОТ-ПЦР-РВ
PV-013new «Potato Virus M, Potato Virus Y, Potato Virus S-РВ» для дифференциальной диагностики и выявления РНК вирусов картофеля методом ОТ-ПЦР-РВ
PV-036* «Potato black ringspot virus-РВ» для выявления РНК вируса черной кольцевой пятнистости картофеля методом ОТ-ПЦР-РВ
Наборы реагентов для обнаружения патогенов ОВОЩНЫХ КУЛЬТУР
PH-006* «Acidovorax citrulli-РВ» для выявления ДНК возбудителя бактериальной пятнистости тыквенных культур
PH-010* «Beet necrotic yellow vein virus-РВ» для выявления РНК вируса некротического пожелтения жилок сахарной свеклы (ризомания сахарной свеклы) методом ОТ-ПЦР-РВ
PH-018* «Tomato yellow leaf curl disease-РВ» для выявления ДНК бегомовирусов, возбудителей болезни желтой курчавости листьев томата
PH-028* «Tomato ringspot virus-РВ» для выявления РНК вируса кольцевой пятнистости томата методом ОТ-ПЦР-РВ
PH-041 «Clavibacter michiganensis subsp. michiganensis-РВ» для выявления ДНК возбудителя бактериального рака томата
PH-042 «Tomato spotted wilt virus-РВ» для выявления РНК вируса бронзовости томата методом ОТ-ПЦР-РВ
PH-043 «Tomato brown rugose fruit virus-РВ» для выявления РНК вируса коричневой морщинистости плодов томата методом ОТ-ПЦР-РВ
PH-045 «Pepino mosaic virus-РВ» для выявления РНК вируса мозаики пепино методом ОТ-ПЦР-РВ
Наборы реагентов для обнаружения патогенов ВИНОГРАДА
PH-005* «Xylophilus ampelinus-РВ» для выявления ДНК возбудителя бактериального увядания винограда
PH-007* «Xylella fastidiosa-РВ» для выявления ДНК возбудителя бактериоза винограда (болезнь Пирса)
PH-020 «Candidatus Phytoplasma solani-РВ» для выявления ДНК фитоплазмы почернения древесины
PH-023* «Candidatus Phytoplasma vitis-РВ» для выявления ДНК фитоплазмы золотистого пожелтения винограда
PH-033 «Candidatus Phytoplasma solani + Candidatus Phytoplasma vitis» для дифференциальной диагностики и выявления ДНК фитоплазмы почернения древесины и фитоплазмы золотистого пожелтения винограда
Наборы реагентов для обнаружения патогенов ЗЕРНОВЫХ И БОБОВЫХ КУЛЬТУР
PH-004* «Pantoea stewartii-РВ» для выявления ДНК возбудителя бактериального вилта кукурузы
PH-025* «Xanthamonas oryzae pv. oryzae-РВ» для выявления ДНК возбудителя бактериального ожога риса
PH-035* «Cercospora kikuchii-РВ» для выявления ДНК возбудителя пурпурного церкоспороза сои
PH-017 «Barley yellow dwart virus-РВ» для выявления РНК вируса жёлтой карликовости ячменя методом ОТ-ПЦР-РВ
PH-034 «Barley stripe mosaic virus-РВ» для выявления РНК вируса штриховатой мозаики ячменя методом ОТ-ПЦР-РВ
PH-038 «Curtobacterium flaccumfaciens pv. flaccumfaciens-РВ» для выявления ДНК возбудителя ржаво-бурой пятнистости листьев фасоли
PH-039 «Pseudomonas fuscovaginae-РВ» для выявления ДНК возбудителя бактериальной гнили влагалища листа пшеницы
PH-040* «Tobacco ringspot virus-РВ» для выявления РНК вируса кольцевой пятнистости табака методом ОТ-ПЦР-РВ
PH-046 «Xanthomonas oryzae pv. oryzicola-РВ» для выявления ДНК возбудителя бактериальной полосатости риса
PH-049new «Wheat streak mosaic virus-РВ» для выявления РНК вируса полосатой мозаики пшеницы методом полимеразной цепной реакции в реальном времени совмещенной с реакцией обратной транскрипции (ОТ-ПЦР-РВ)
Наборы реагентов для обнаружения патогенов МАСЛИЧНЫХ КУЛЬТУР
PH-047*new «Diaporthe helianthi-РВ» для выявления ДНК возбудителя фомопсиса подсолнечника
Наборы реагентов для обнаружения патогенов ПЛОДОВО-ЯГОДНЫХ КУЛЬТУР
PH-021* «Candidatus Phytoplasma mali-РВ» для выявления ДНК фитоплазмы пролиферации яблони
PH-022* «Candidatus Phytoplasma pyri-РВ» для выявления ДНК фитоплазмы истощения груши
PH-024* «Monilinia-РВ» для дифференциальной диагностики и выявления ДНК Monilinia fructicola, а также Monilinia fructigena, polystroma и laxa
PH-003* «Erwinia amylovora-РВ» для выявления ДНК возбудителя ожога плодовых деревьев
PH-011* «Plum pox potyvirus-РВ» для выявления РНК вируса шарки (оспы) сливы методом ОТ-ПЦР-РВ
PH-014 «Prunus necrotic ring spot ilarvirus-РВ» для выявления РНК иларвируса некротической кольцевой пятнистости косточковых методом ОТ-ПЦР-РВ
PH-015 «Prunu dwarf ilarvirus-РВ» для выявления РНК иларвируса карликовости сливы методом ОТ-ПЦР-РВ
PH-030* «Colletotrichum acutatum complex-РВ» для выявления ДНК грибов видового комплекса Colletotrichum acutatum
PH-037* «Raspberry ringspot nepovirus-РВ» для выявления РНК вируса кольцевой пятнистости малины методом ОТ-ПЦР-РВ (готовая лиофилизированная ПЦР-смесь в стрипованных ПЦР-пробирках)
PH-048new «Candidatus Phytoplasma sp.-РВ» для выявления ДНК группы фитоплазм Candidatus Phytoplasma методом полимеразной цепной реакции в реальном времени (ПЦР-РВ)
Наборы реагентов для обнаружения ДЕКОРАТИВНЫХ РАСТЕНИЙ
PH-013* «Impatiens necrotic spot virus-РВ» для выявления РНК вируса некротической пятнистости бальзамина методом ОТ-ПЦР-РВ
PH-027* «Chrysanthemum stunt pospoviroid-РВ» для выявления РНК вироида карликовости хризантем методом ОТ-ПЦР-РВ
Наборы реагентов для обнаружения ДРЕВЕСНЫХ РАСТЕНИЙ
PH-102* «Bursaphelenchus xylophilus-РВ» для выявления ДНК сосновой стволовой нематоды

*Карантинный патоген растений

Вы можете заказать у нас разработку наборов реагентов для выявления интересующих Вас фитопатогенов.


Компания «Синтол» проводит комплексное оснащение ПЦР-лабораторий для диагностики заболеваний растений. Обучение методу ПЦР в реальном времени и технологии «ФИТОСКРИН» проводится на базе Всероссийского научно исследовательского института сельскохозяйственной биотехнологии.



Вернуться в раздел